Τα εργαστήρια συντήρησης των οργανικών υλικών ξεκίνησαν να δραστηριοποιούνται από το 2010 σε ένα νεοσύστατο Τμήμα, με τις παρακάτω μέχρι σήμερα συνεργασίες.
- Θεολογική Σχολή της Χάλκης- Οικουμενικό Πατριαρχείο Κων/πόλεως
- Μουσείο Σολωμού και Επιφανών Ζακυνθίων
- Αρχοντικό Αλεξάνδρου Ρώμα, Ζάκυνθος
- Αρχαιολογικό Μουσείο Ιωαννίνων
- Γενικά Αρχεία Ζακύνθου
- Βυζαντινό Μουσείο Ζακύνθου
- Δήμος Ζακύνθου
- Δήμος Σπάρτης
- Εθνική Πινακοθήκη Αθηνών
- Koργιαλένειο Ίδρυμα, Αργοστόλι Κεφαλλονιά
- Μητρόπολη Ζακύνθου και Στροφάδων
- Μητρόπολη Κεφαλλονιάς
- Μητρόπολη Μονεμβασίας & Σπάρτης
- Μητρόπολη Μαντινείας & Κυνουρίας
- Μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού Θεσσαλονίκης
- Μουσείο Μπενάκη
- Μουσείο Λαϊκής Τέχνης, Αθήνα
- Μουσείο Κέρινων Ομοιωμάτων Παύλος Βρέλλης, Ιωάννινα
- Πανεπιστήμιο Πελοποννήσου- Τμήμα Ιστορίας, Αρχαιολογίας & Πολιτιστικής Διαχείρισης- Εργαστήριο Αρχαιομετρίας
- Πνευματική Εστία Σπάρτης
- Πολεμικό Ναυτικό
- Λαογραφικό Μουσείο Μυκόνου
- Εφορεία Αρχαιοτήτων Αχαΐας
- Εφορεία Αρχαιοτήτων Αθηνών
- Εφορεία Αρχαιοτήτων Εύβοιας
- Εθνολογικό Μουσείο Κύπρου, Λευκωσία
- Εθνολογικό Μουσείο Αλεξανδρούπολης
- Ι. Μονή Κύκκου, Τμήμα συντήρησης, Κύπρος
- I. Mονή Αγ. Διονυσίου-Εργαστήριο συντήρησης, Ζάκυνθος
- Ι. Μονή Αγ. Ιωάννη του Θεολόγου- Εργαστήριο συντήρησης, Πάτμος
- Βalkan Heritage Foundation, Bulgaria
- Νational Museum of Archaeology (MNA), Department of Conservation, Portugal
- Centre de recherché et de restau ration des musées de France, France
- Archaia BRNO O.P.S, Department of Conservation, CZECH Republic.
Περισσότερες συνεργασίες πραγματοποιούνται μέσω των πρακτικών εργασιών των φοιτητών της Κατεύθυνσης Συντήρησης Αρχαιοτήτων & Έργων Τέχνης με πολιτιστικούς φορείς, Υπουργείο Πολιτισμού κ.α.